Заметки Аобы Ямаширо: Подробнее о проишествии на острове-черепаха

В аниме Аоба присутствует на собрании военного совета, который собрала Тсунаде. А позже он будет выбран в качестве одного из телохранителей Наруто. Затем он находится на корабле, который привозит Наруто на остров в Кумогакуре, на котором его и Кираби прячут от Акацки. Когда Гай захотел узнать свою внутреннюю сущность, Аоба высказал мнение, что она возможно и не человек. Всё прервало нападение появившегося Кисаме, с которым Аоба вступил в непродолжительный бой. После пленения он узнает, что действия Четвёртого Мизукаге Ягуры контролировал Учиха Мадара.

После этого он, вместе с Ямато пытается отвлечь Наруто от всего происходящего. Когда Кабуто нападает на остров, Аоба пытается извлечь информацию из него. У него это не получается, и Кабуто удаётся схватить Ямато. Аоба высказывает мнение, что Наруто и Би следует перебраться в другое убежище, так как местонахождение этого уже известно.